Фамилия Новаткис — редкий для русского уха пример латышской или литовской фамильной модели. Её окончание -ис, -ус или -айтис характерно для балтийского ареала, где фамилии часто застыли в форме родительного падежа с притяжательным значением. Новаткис, скорее всего, означает «сын Новатка» или «принадлежащий Новатку», где Новаток — уменьшительная форма от имени или прозвища Новый.

В основе лежит корень «нов-», который в балтийских языках (литовском naujas, латышском jauns) тоже означает «новый». Но в данном случае фамилия явно славянского происхождения, приспособленная к балтийской грамматике. Предок-носитель мог получить прозвище Новаток — так в XV–XVII веках называли новичка, недавно поселившегося в деревне, или младшего сына, который «новый» в роду. В польских и белорусских землях, где славянское и балтийское население веками жило рядом, такие гибридные фамилии — обычное дело.

Суффикс -ат-/-ят- в основе (Новаток) указывает на уменьшительно-ласкательную форму, распространённую в восточнославянских диалектах: «Новаток» — буквально «маленький новый» или «Новенький». Когда этот носитель переселился на территорию современной Латвии или Литвы, местная традиция добавила к основе окончание -ис, превратив прозвище в фамилию по балтийскому образцу. Другая версия — фамилия могла возникнуть уже в среде латышей или литовцев, которые заимствовали славянское слово «новат» (новобранец, новик) и оформили его по своим правилам.

Географически фамилия Новаткис встречается почти исключительно в Латвии, реже в Литве и среди потомков эмигрантов в США. В России она практически неизвестна. Это говорит о том, что фамилия не вышла за пределы балтийского региона и сохранила локальный характер. Встречаются варианты написания Новаткевич — более полонизированная форма, и Новатка — исходная славянская основа без балтийского окончания.

Сословная принадлежность предков Новаткис, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет. В XIX веке, когда в Курляндской и Лифляндской губерниях прошла массовая фиксация фамилий для латышских крестьян, многие получили фамилии от прозвищ, и Новаткис — типичный пример такого «говорящего» имени, которое закрепилось за семьёй новосёлов или просто за человеком с подходящей характеристикой.