Фамилия Наватуров — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любую другую версию происхождения. Основа здесь — «наватур», а суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Наватура». Но вот что такое «наватур»?

Почти все носители этой фамилии, судя по доступным данным, имеют корни в армянской среде, а точнее — в среде амшенских армян, исторически живших на черноморском побережье Турции и в Краснодарском крае. В амшенском диалекте слово «наватур» (նավատուռ) означает «верфь» или «место для строительства кораблей». Это сложное слово: «нав» — корабль, «атур» — место, мастерская. Фамилия, скорее всего, прозвищная: её дали человеку, который работал на верфи — корабелу, плотнику, судостроителю. Суффикс -ов здесь чисто русский, он появился при русификации фамилии в документах XIX–XX веков, когда армянские фамилии часто получали русское окончание.

Менее убедительная версия выводит «наватур» из тюркских языков, где есть слово «нав» в значении «родник» или «канал». Тогда «наватур» могло бы означать «живущий у родника». Однако эта гипотеза слабее: во-первых, тюркская основа не даёт такого чёткого словообразовательного ряда, как армянская, а во-вторых, концентрация фамилии именно в регионах расселения амшенских армян (Краснодарский край, Абхазия, Армения) указывает на первую версию как на основную.

Таким образом, предок современных Наватуров, по всей вероятности, был судостроителем на черноморском побережье. Фамилия — профессиональное прозвище, которое закрепилось за его потомками и позже было оформлено по русской модели с фамильным суффиксом.