Фамилия Навнычко — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка говорит о происхождении больше, чем разбор корня. Судя по окончанию «-ко», типичному для украинских фамилий (особенно западных и центральных областей), и по тому, что фамилия не встречается массово в российских переписях, её родина — Украина.

Основа «Навн-» — самая сложная часть. Прямого и очевидного украинского слова «навна» не существует. Самая правдоподобная версия — это фонетическое искажение или диалектный вариант от имени «Наум» (древнееврейского происхождения, означает «утешитель»). В украинском языке имя Наум могло в разговорной речи звучать как «Навн» (выпадение гласного «у» в безударном положении, упрощение звукосочетания). Тогда Навнычко — это сын (или потомок) Навна, то есть Наума. Суффикс «-ычко» здесь уменьшительно-патронимический, указывающий на прямую связь: «чей? — Навнычков».

Есть и менее вероятная версия, от слова «навна» (не путать с «навь» — мертвец в славянской мифологии). В некоторых говорах «навна» могло быть прозвищем человека с особенностью поведения или внешности (например, от «навний» — назойливый, приставучий). Но это лишь гипотеза, не подтверждённая словарями.

Особенность фамилии в её суффиксе. Если бы фамилия была образована от Наума стандартно, она звучала бы как «Науменко» или «Наумов». Форма «Навнычко» уникальна: она сохранила в основе народное, разговорное произношение имени, которое в официальных документах не фиксировали. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был простым человеком, возможно, крестьянином или ремесленником, чью фамилию записывали «со слуха» местные писцы.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных она единична, что делает её почти уникальной. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или казацкая (Гетманщина, Слобожанщина), но точных данных нет. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия украинская, образована от личного имени (вероятно, Наум) через диалектное переосмысление, и её носитель — потомок человека, которого в быту звали Навном.