Фамилия Навотин — редкая, и её происхождение неочевидно. Если смотреть на суффикс, то перед нами типичная русская фамилия на -ин. В русской антропонимике суффикс -ин присоединяется к основам на -а/-я и обычно указывает на принадлежность: «чей?» — «сын такого-то». Значит, в основе лежит слово или прозвище, оканчивающееся на гласный звук. В случае Навотина это, скорее всего, прозвище Навота.

Что могло означать слово «навота»? Самая правдоподобная версия связана с диалектным глаголом «навотить» или «наватить». В северных и сибирских говорах «наватить» — значит навалить, наложить что-то в большом количестве, иногда — натоптать, насорить. Соответственно, Навота — прозвище человека, который мог быть неаккуратным, небрежным в работе или в быту, либо, напротив, того, кто много и тяжело работал, «наваливал» дела. Второе значение, более узкое, связано с рыболовством: «навага» — мелкая северная рыба. Фамилия могла возникнуть как искажённое «Навагин» (от навага) или как прозвище рыбака, но это менее вероятно, так как звуковой переход «г» в «т» нехарактерен для русского языка.

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть от имени или прозвища Навот, которое, в свою очередь, является сокращённой формой от канонического имени Ионафан (др.-евр. «дар Божий»). В народной речи Ионафан мог превратиться в Нафана, а затем в Навота (через оглушение и упрощение). В таком случае Навотин — «сын Навоты», а сам Навота — уменьшительная форма церковного имени.

География фамилии также подсказывает её корни. Навотины встречаются в основном в центральной России и в Поволжье, особенно в Нижегородской области. Это регион, где были сильны старообрядческие традиции и где часто бытовали народные, искажённые формы церковных имён. Поэтому версия с именем Ионафан здесь выглядит убедительнее, чем прозвище от глагола.

Таким образом, у Навотина два равноправных пути предков: либо это потомок человека с церковным именем Ионафан, которого в быту звали Навотой, либо прозвище, данное за манеру работы или поведения. Однозначного ответа нет, и обе версии имеют право на жизнь, но первая (от имени) более типична для русской фамильной модели.