Фамилия Навойникова — женская форма фамилии Навойников. Её основа — слово «навойник», которое в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять происхождение, нужно разобраться в каждом.

Самое вероятное: навойником называли ткацкую деталь — валик, на который наматывали нить основы. Прозвище Навойник могли дать ткачу, который работал за станом, или мастеру, изготавливавшему такие детали. В крестьянской среде, где ткачество было повсеместным, такое прозвище было бы уместно и понятно. Модель образования фамилии типична: прозвище на -ик → фамилия на -ов: Навойник → Навойников → Навойникова.

Вторая версия, менее распространённая, связывает слово с диалектным «навой» — катушка, моток пряжи, а то и «навойка» — намотка. Но и в этом случае ремесленная или прозвищная основа остаётся той же.

Третья, редкая гипотеза — отчество от нецерковного имени Навойник. Такие «ремесленные» личные имена (Ткач, Кузнец, Швец) в старину встречались, но для «навойника» это маловероятно: имя слишком конкретное и привязанное к станку.

Суффикс -ов- в фамилии указывает на принадлежность: сын Навойника. Окончание -а в женской форме — стандартный показатель рода. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, из центральных или северных губерний России, где было развито домашнее ткачество.

В написании возможна путаница с фамилией Навойников — через «а» (от «навой»). Но обе формы восходят к одному корню. Встречаемость фамилии невысокая, что подтверждает её узкопрофессиональное происхождение: не всякий был навойником.