Фамилия Навтолян звучит как типичная армянская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Формант -ян (в старой орфографии -янц) указывает на принадлежность к роду, на происхождение от предка. В русской традиции такие фамилии часто получали окончание -ов или -ев, но армянский суффикс сохранился в исходном виде.

Основа фамилии — Навтол. Здесь сразу возникает вопрос: что это за слово? В самом армянском языке прямого слова «навтол» нет. Наиболее вероятная версия — это диалектное или искажённое произношение имени Наапет (Напет). В армянском именослове Наапет означает «патриарх», «родоначальник», а в народной речи оно могло звучать как «Навпет» или «Нафтол». Переход «п» в «в» и «т» встречается в говорах, особенно при заимствовании через тюркские языки или под влиянием соседних диалектов. Таким образом, Навтолян — это «потомок того, кого звали Наапет».

Есть и другая, менее вероятная гипотеза: связь с тюркским словом «навт» (в значении «новый»), но для армянской фамилии это чуждый корень, и такая версия выглядит натянутой. Также не стоит путать Навтолян с похожей фамилией Нафталян, которая восходит к библейскому имени Неффалим.

Географически фамилия Навтолян встречается в основном среди армян, живших на территории исторической Западной Армении (ныне восток Турции) и в регионах, где армянское население было рассеяно после геноцида 1915 года. В России носители фамилии сосредоточены в Краснодарском крае, Ростовской области и в Москве — там, куда переместились армянские общины в XX веке.

Словообразовательная модель проста: корень Навтол- плюс патронимический суффикс -ян. Никаких дополнительных суффиксов или приставок нет. Это говорит о том, что фамилия сформировалась относительно поздно, когда модель на -ян уже стала стандартной для армянских фамилий (XVII–XIX века). Сословной принадлежности по фамилии не определить: её могли носить и крестьяне, и ремесленники, и священники, так как имя Наапет было распространено во всех слоях.