Фамилия Навысоцкий — редкий случай, когда географическое прозвище застыло в необычной грамматической форме. На первый взгляд она напоминает распространённую польскую или западнорусскую фамилию Высоцкий (от названия населённого пункта Высокое или Высоцк). Но приставка На- меняет всю картину. В славянской ономастике фамилии с элементом На- почти всегда указывают на происхождение из конкретного места: человек был «на Высоцком» — то есть проживал в усадьбе, на хуторе или в части села, которая носила такое название. Это не дворянский префикс, а бытовая топонимическая привязка, характерная для крестьян и однодворцев южнорусских и украинских земель.

Суффикс -цк(ий) в основе Высоцк- говорит о том, что исходное название поселения было Высоцк или Высоцкое. Таких сёл и деревень в Белоруссии, на Смоленщине, в Черниговской и Волынской губерниях десятки. Человек, которого записали как Навысоцкий, скорее всего, получил фамилию не по фамильному гнезду, а по месту жительства в момент переписи или приписки. В документах XIX века встречаются варианты написания «На-Высоцкий» раздельно — это выдает позднее сращение предлога с основой, а не исконно единую форму.

Менее вероятная, но возможная версия — искусственное происхождение фамилии в духовном сословии. Семинаристам иногда давали фамилии по названию прихода или храма. Если церковь стояла на возвышенности, её могли именовать «на Высоком» — отсюда мог появиться и Навысоцкий. Но в отличие от фамилий вроде Нагорный или Набережный, Навысоцкий встречается реже и почти не фиксируется в списках духовенства центральных губерний.

Основной ареал фамилии — западные и южные области Российской империи, особенно Волынская и Подольская губернии, а также Польша и Украина. В современной России она единична. Поскольку фамилия не получила широкого распространения, её носители в большинстве своём — потомки крестьян или мещан из одного-двух локальных гнёзд. Дворянских родов с такой фамилией не известно: в «Общем гербовнике» и боярских книгах она не упоминается.