Фамилия Наяксов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Наяксов, по одной из версий, восходит к прозвищу Наякс, которое происходит от диалектного слова «наяться» - «напуститься, накинуться, разозлиться». Поэтому Наяном или Наяксом называли наглого, бесстыжего, навязчивого человека. Однако более вероятно, что фамилия Наяксов имеет восточное происхождение и восходит к нескольким тюркским именам: Наи («защитник, преодолевающий любые трудности»), Наасим («улаживающий»), Назих («чистый»). Существует также гипотеза, которая связывает эту фамилию с именем древнегреческого легендарного героя Аякса, образованного от слова «aia» – древней формы греческого «gaia» - «земля». Поэтому имя Аякс первоначально могло означать «крестьянин». Возможно, что упомянутое древнегреческое слово послужило и основой для фамилии Наяксов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Наякс, со временем получил фамилию Наяксов. О точном месте и времени возникновения фамилии Наяксов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Наяксов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.