Фамилия Наймиллер, скорее всего, является вариантом немецкой фамилии Ноймюллер, которая образована от аналогичного прозвища. Оно же имеет сложную структуру и состоит из двух частей. Первая из них - «ной» - возможно, восходит к средневерхненемецкому слову neu, которое переводится как «новый». Второй компонент прозвища - «мюллер» - ведет свое начало от немецкого слова Muller, которое означает «мельник». Таким образом, вполне вероятно, что прозвище Ноймюллер относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека: возможно, предок современного носителя фамилии Ноймюллер был мельником, переехавшим в другое селение.