Фамилия Наймитенко — характерный пример восточноукраинской модели фамилий, образованных от прозвищ с помощью суффикса -енко. Этот суффикс в XVI–XVIII веках был самым распространённым способом обозначения потомка или сына на Левобережной и Слободской Украине, а позже закрепился как фамильный. В основе лежит прозвище Наймит.

Слово «наймит» в украинском и южнорусском говорах означало батрака, наёмного работника, человека, который за плату (найм) работал по чужому хозяйству. В отличие от крепостного крестьянина, наймит был лично свободен, но беден и зависел от работодателя. Прозвище Наймит могли дать либо тому, кто долго батрачил, либо, реже, тому, кто сам нанимал работников — по ироническому переосмыслению. Соответственно, Наймитенко — «сын Наймита» или «потомок того, кого звали Наймитом».

Фамилия почти не встречается в центральных и северных великорусских губерниях, где её вытеснили бы формы на -ов (Наймитов). Географически она привязана к современным Харьковской, Полтавской, Сумской и соседним областям Украины, а также к югу России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. В метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия фиксируется с конца XVIII века, что указывает на её позднее закрепление — в основном уже после введения обязательных фамилий для всех сословий.

Интересная деталь: в отличие от фамилий, образованных от ремёсел (Коваленко, Шевченко), Наймитенко несёт не профессиональную, а социальную характеристику. Она прямо указывает на безземельное или малоземельное положение предка. В крестьянской среде такая фамилия не была обидной — скорее констатировала факт: «мы из наймитов». Аналогичные фамилии — Наймич, Наймитов, Наймушин — встречаются у разных славянских народов, но именно украинское -енко делает форму Наймитенко однозначно восточноукраинской по происхождению.