Фамилия Наюшин — редкий пример, где на поверхностный взгляд всё ясно, а при ближайшем рассмотрении начинаются вопросы. Типологически она встраивается в ряд фамилий на -ин, которые в русской традиции образуются от основ на -а/-я: Наюша → Наюшин. Вопрос в том, что скрывается за этим «Наюша».

Самая прямая и правдоподобная версия — уменьшительная форма от крестильного имени. В качестве основы могли взять каноническое имя Иона (др.-евр. «голубь»). В народном произношении имя Иона часто звучало как Ионя, а с аканьем (характерным для многих южнорусских и среднерусских говоров) — Яня или Ная. Форма Наюша — ласкательный вариант с суффиксом -юш- (как Ванюша от Иван, Митюша от Дмитрий). Тогда фамилия Наюшин буквально означает «сын Наюши», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительным от Ионы.

Менее вероятна, но не исключена связь с нецерковным прозвищем. В некоторых говорах «най» означало «наёмный работник», «батрак» (от глагола «нанимать»). Форма Наюша могла возникнуть как прозвище по занятию — сын батрака или сам батрак. Однако эта версия слабее: прозвища от «най» обычно давали в форме Най, Найко, а суффикс -юш- характерен именно для уменьшительных личных имён.

География фамилии неширокая. Наюшины встречаются в центральных областях России, особенно в Рязанской и Тамбовской губерниях — как раз в зоне бытования акающих говоров, где Иона превращался в Наю. Встречаются также в старых списках однодворцев, что указывает на возможное происхождение из служилых людей по прибору, а не из крепостных.

Спорный момент — написание через Ю. Если бы фамилия образовалась от имени Наум (через форму Наюша), она звучала бы как Наушин, а не Наюшин. Поэтому версия с Ионой остаётся основной. Других убедительных гипотез ономастика не предлагает.

Таким образом, носитель фамилии Наюшин с высокой долей вероятности ведёт род от человека по имени Иона, которого в семье ласково называли Наюшей. Фамилия недворянская, бытовая, крестьянская или мещанская — из тех, что закрепились за простыми людьми в XVII–XVIII веках.