Фамилия Нажикенов встречается редко, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит сложное имя или прозвище, образованное от тюркского корня «нажы» (нажи) — «бережливый», «запасливый» или «тот, кто копит». Вторая часть «кен» в тюркских языках может означать «широкий», «просторный» либо выступать уменьшительным суффиксом. Получается, исходное прозвище могло значить «бережливый до широты» или «запасливый человек» — не скупой, а тот, кто умеет копить, но живёт на широкую ногу.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилий, типичную для тюркских и казахских родов, попавших в зону русского культурного влияния. Вероятно, фамилия окончательно сформировалась в XIX веке, когда фиксировались прозвища и имена кочевников. Без суффикса исходная форма звучала бы как Нажыкен или Нажикен — личное имя или прозвище, которое потом закрепилось за потомками.

Географически фамилия тяготеет к западному Казахстану и приграничным областям России (Астраханская, Оренбургская). Там встречаются схожие фамилии: Нажиков, Нажиев, Нажмудинов. Нажикенов от них отличается именно компонентом «кен», который редко встречается в русских фамилиях тюркского происхождения. Это делает фамилию более локальной, возможно, связанной с конкретным родом или аулом.

Версия о происхождении от арабского имени Нажи («спасённый») с добавлением «кен» менее убедительна: в арабской традиции такие суффиксы нехарактерны, а фамилия явно сложилась в тюркоязычной среде. Спорных гипотез немного — фамилия слишком редкая, чтобы обрастать легендами. Скорее всего, предки носителя фамилии были скотоводами или торговцами, которых прозвали за хозяйственную сметку и умение копить добро.