Фамилия Нчушкин — редкий случай, когда основа слова не сразу поддаётся прочтению. Первое, что бросается в глаза, — стечение согласных «нч» в начале, которое для русского уха звучит как иноязычное. На самом деле, скорее всего, мы имеем дело с фамилией, образованной от прозвища или имени через суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Нчушкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Нчушка.

Чтобы понять корень, попробуем убрать суффикс. Останется основа «Нчушк-». Это явно уменьшительная форма, образованная с помощью суффикса -ушк-, как в словах «головушка», «травушка». Значит, исходное слово — «Нча» или «Нчо». Но в русском языке таких имён нет. Вероятнее всего, перед нами фонетически искажённое имя или прозвище, которое в диалектном произношении потеряло гласный. Например, в южнорусских говорах часто редуцируют начальные гласные: «Анчушка» могло звучать как «Нчушка». Анчушка — это уменьшительная форма от имени Антон (через Анча, Анчутка). Анчутка, в свою очередь, в народной этимологии связывалось с чертёнком, но в основе лежит просто разговорный вариант Антона.

Таким образом, Нчушкин — это, по всей видимости, вариант фамилии Анчушкин, где начальная «а» отпала в устной речи. Предок носителя этой фамилии мог быть Антоном, которого в быту звали Анчушка или просто Нчушка. Фамилия закрепилась в той форме, в какой её записал писарь — со слуха, без исправления на литературную норму. Географически такие фамилии чаще встречаются в регионах с сильным аканьем и редукцией гласных — на юге и юго-востоке России. Других версий, например, связи с тюркскими корнями, нет: суффикс -ушк- и модель на -ин однозначно указывают на славянскую, скорее всего, великорусскую основу.