Фамилия Нефериди — редкий случай в русском ономастиконе. Её окончание -иди сразу выдает нерусское происхождение: это греческий патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». В русском языке такие фамилии прижились в основном у греков, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, особенно из Причерноморья и Малой Азии. Соответственно, основа Нефери — это греческое личное имя или прозвище.

Что стоит за основой? Вероятнее всего, она восходит к греческому слову «νεφέλη» (нефели) — «облако», «туча». В таком случае Нефериди означает «сын Облака» или «потомок Облачного». В греческой народной традиции прозвища, связанные с природными явлениями, давали за внешность (например, очень бледного или мечтательного человека) или за характер — облачного, задумчивого, не от мира сего. Менее вероятна, но возможна связь с именем Нефер (от египетского «красивый, добрый»), которое могло попасть в греческий через эллинистический Египет, но для фамилии на -иди такой путь маловероятен.

С точки зрения словообразования, фамилия Нефериди стоит в одном ряду с греческими фамилиями вроде Павлиди, Христофиди, Саввиди. Но если «Павлиди» означает «сын Павла», то здесь мы имеем дело не с каноническим именем, а с прозвищной основой. Это делает фамилию более редкой и индивидуальной — её носитель вряд ли происходил из многочисленного рода, а скорее от одного человека с запоминающейся чертой.

Географически фамилия Нефериди тяготеет к югу России и Украины: Крым, Одесская область, Краснодарский край — места компактного проживания греческих общин. Встречаются носители и в Греции, но в русском контексте это почти всегда потомки греческих переселенцев, которые сохранили фамилию в неизменном виде, не русифицируя её окончанием -ов.