Фамилия Неффа — редкий для русской ономастики случай, когда фамилия представляет собой чистую основу без суффикса. В подавляющем большинстве русских фамилий есть формант (-ов, -ин, -ский), а здесь мы видим корень, застывший в начальной форме. Это почти всегда указывает на иноязычное происхождение, причём не из тюркских или финно-угорских языков (они обычно русифицируются суффиксами), а из западноевропейских.

Скорее всего, Неффа — это онемеченная или офранцуженная фамилия, восходящая к библейскому имени Неффалим (Нафтали). В немецкой и еврейской ашкеназской традиции от этого имени образовывали фамилии типа Naftali, Naftali, а при переходе в русскую среду конечный гласный мог отпасть или, наоборот, закрепиться в виде «а». Возможен и другой путь: фамилия могла произойти от прозвища, связанного с немецким словом «Neffe» (племянник). В таком случае Неффой называли человека, который жил в доме дяди или воспитывался в чужой семье.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — Прибалтике, Царству Польскому, а также к немецким колониям на Волге. В этих местах немецкие и еврейские фамилии входили в русский обиход без изменений, и Неффа — типичный пример такого заимствования. В центральной России эта фамилия не встречается в старых писцовых книгах, что подтверждает её позднее появление в русской среде.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна: у неё нет русских суффиксов, поэтому она не склоняется по падежам как типичная русская фамилия (Неффа, Неффе, Неффу). Это ещё один маркер того, что перед нами — «необрусевшая» форма, сохранившая оригинальное звучание. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то в русском языке есть Нефёдов (от Нефёд — народная форма имени Мефодий), но Неффа стоит особняком. Это не вариант Нефёдова, а совсем другая линия, идущая от западноевропейского корня.