Фамилия Нэгода — редкий случай, когда написание прямо указывает на украинское или белорусское происхождение. В русском языке та же основа выглядела бы как «Негода». Разница в одной букве — «э» вместо «е» — выдаёт южнорусские или западные говоры, где после твёрдых согласных «е» переходило в «э» и закреплялось на письме. Встречается фамилия преимущественно на западе Украины, в Беларуси и среди потомков переселенцев из этих регионов в Сибири и на Дальнем Востоке.

Основа «нэгода» — то же, что русское «негода»: ненастье, непогода, дождливая или ветреная погода. Прозвище Нэгода (или Негода) могли дать человеку угрюмому, ворчливому, с тяжёлым нравом — как погода, которая не радует. В народе нередко называли так того, кто постоянно жаловался на жизнь или приносил дурные вести. Менее вероятная, но допустимая версия — прозвище по обстоятельствам рождения: ребёнок появился на свет в сильную непогоду, и это закрепилось за ним как имя.

Суффикса в фамилии нет — это типичная «чистая» основа, усечённая фамилия без патронимического окончания. Такая модель встречается в украинской и белорусской ономастике чаще, чем в русской: ср. Погода, Буря, Мороз. Фамилия Нэгода не склоняется по падежам, если принадлежит женщине, и склоняется как обычное существительное, если мужчине.

В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется — это говорит о её простонародном, крестьянском происхождении. Дворянских родов с такой фамилией нет. В советское время носители Нэгоды встречаются в основном в сельской местности Черниговской, Житомирской и Гомельской областей. Сегодня фамилия остаётся редкой: по открытым данным, в России её носят не более нескольких сотен человек.