Фамилия Негоен — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. В ней нет привычных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, а окончание -ен скорее отсылает к западным или южнославянским моделям. Скорее всего, перед нами не исконно великорусская фамилия, а результат адаптации иноязычной основы.

Первое, что бросается в глаза, — корень «Него-». Он может восходить к краткой форме имени Негой или Негован — это старые славянские имена, образованные от слова «нега» (нежность, покой, довольство). В древнерусских и сербских источниках встречаются имена Негой, Негован, Негомир. В таком случае Негоен — это притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?»: сын Негоя, человек из рода Негоевых. Окончание -ен характерно для болгарских и македонских фамилий (сравните: Иванов — Ивановен, Петров — Петровен), а также встречается у запорожских казаков и в украинской антропонимии как вариант фамилий на -енко.

Вторая версия связывает фамилию с географией. В Молдавии и на юго-западе Украины есть топоним Негоешты (село, где жили люди Негоя). Переселенцы могли получить фамилию по названию места жительства, а при переходе в русскую среду окончание изменилось под влиянием местных говоров. Кроме того, в румынском языке слово «negru» означает «черный», но для фамилии Негоен эта версия менее вероятна: румынские фамилии обычно оканчиваются на -еску или -у.

Социальный контекст подсказывает, что носители фамилии Негоен — это, скорее всего, потомки крестьян или казаков, переселившихся в центральные губернии России или на Кубань в XVIII–XIX веках. Фамилия не вошла в дворянские родословные книги, не встречается в старых боярских списках — это говорит о её «низовом» происхождении. В современных справочниках она почти не фиксируется, что делает её уникальной: людей с такой фамилией в России единицы, и каждый случай заслуживает отдельного генеалогического поиска.