Фамилия Неищенко — украинская по происхождению, что выдает характерный суффикс -енко, самый распространенный в украинской ономастике. В буквальном смысле «Неищенко» означает «потомок Неища» или «сын Неища». Вся загадка фамилии упирается в основу — прозвище или имя Неищ.

Самая вероятная версия связывает эту основу с древнерусским глаголом «искать» и приставкой «не-». Неищ — это человек, который не ищет, то есть безынициативный, не любящий хлопот, либо, наоборот, тот, кого трудно найти, «несыщик». В старину такие прозвища часто давали не в осуждение, а как оберег или по контрасту: тихоней могли назвать непоседу. Реже Неищем могли прозвать того, кто постоянно терял вещи, — «не ищет, а находит».

Менее убедительна, но возможна связь с тюркским именем Наиш (встречается у татар и башкир), которое через диалектное произношение могло перейти в Неищ. Однако для украинской фамилии это скорее исключение, чем правило.

По географии фамилия Неищенко тяготеет к левобережной Украине — Черниговской, Полтавской, Сумской областям. Это зона классических фамилий на -енко, которые формировались в среде казачества и крестьянства в XVI–XVII веках. Предки современных Неищенко, скорее всего, были реестровыми казаками или вольными землепашцами, получившими фамилию по прозвищу главы семейства.

Встречается и вариант написания через «ы» — Ныищенко, что отражает южнорусское или украинское «ыканье». В российских переписях фамилия фиксируется с XIX века, но остается редкой: носителей насчитывается не более нескольких сотен человек.