Фамилия Некалин образована от прозвища или нецерковного имени Некаля, а в его основе — диалектный глагол «некать», то есть говорить «не», отказывать, упрямиться. В русских говорах «некаля» — человек, который постоянно отнекивается, возражает, не соглашается, либо тот, кто привык всё делать наперекор. Фамилия относится к типичной модели на -ин, которая в русском языке указывает на принадлежность: Некалин — сын Некали. Суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я, поэтому здесь именно такая форма, а не Некалов.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с северным диалектным словом «нека́ля» в значении «неуклюжий, неловкий человек». В этом случае прозвище давали не за характер, а за манеру двигаться или работать. Обе гипотезы сходятся в одном: прозвище было насмешливым, бытовым, а фамилия закрепилась в крестьянской или мещанской среде, где такие прозвища были обычны.

Фамилия редкая. В дореволюционных источниках она встречается в основном в центральных и северных губерниях России — например, в Вологодской и Костромской. Это косвенно подтверждает вторую версию, так как слово «некаля» в значении «неуклюжий» фиксируется именно в северных говорах. В современных справочниках фамилия почти не представлена, что говорит о её локальном бытовании и, возможно, о небольшом числе носителей.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Некаев, Неканов — показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами: -ев и -ов характерны для основ на согласный, а -ин — для основ на -а. Таким образом, Некалин стоит особняком и указывает на прозвище именно в форме Некаля, а не Некай или Некан.