Фамилия Нэкит — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но при этом скрывает неочевидную основу. На слух она воспринимается как иноязычная, однако по словообразовательной модели это типично русская фамилия, образованная с помощью суффикса -ит.

Разберём её по косточкам. Основа — «Нэк». В русском языке нет распространённого слова или имени с таким корнем. Самое вероятное объяснение: «Нэк» — это фонетическая запись имени или прозвища Нек, которое, в свою очередь, могло возникнуть как сокращение от канонического имени Нестор (греч. «вернувшийся», «возвращённый домой»). В народной речи имя Нестор нередко усекали до Нек, а затем, по законам русской ономастики, к основе добавили суффикс -ит, указывающий на принадлежность: «чей?» — Нэкит, то есть «сын Нека».

Суффикс -ит встречается в русских фамилиях реже, чем -ов или -ин, но он не уникален. Он характерен для северных и сибирских говоров, особенно в Архангельской, Вологодской и Пермской губерниях. Там фамилии на -ит образовывали от имён и прозвищ: Косит (от Косой), Степанит (от Степан), Филит (от Филя). Нэкит, скорее всего, родом именно оттуда.

Второй вариант, менее вероятный, но возможный: происхождение от тюркского или финно-угорского прозвища. В некоторых тюркских языках «нек» означает «как», «словно», но вряд ли это стало бы основой для прозвища. В коми-зырянском языке есть слово «нёк» — «горб», «изгиб». Прозвище Нёк мог получить человек с сутулой спиной или живший на изгибе реки. Но тогда фамилия писалась бы как Нёкит (с буквой ё), а не Нэкит. Поэтому версия с русским именем Нестор выглядит убедительнее.

Таким образом, предки носителя фамилии Нэкит — скорее всего, крестьяне или посадские люди Русского Севера, чей родоначальник носил имя Нестор в его просторечной форме Нек. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного и сохранила редкий суффикс, который в центральных областях России вытеснили более распространённые -ов и -ин.