Фамилия Некушоев — один из тех случаев, где корень ясен, а происхождение упирается в диалектную лексику. Основа здесь — глагол «некушать», то есть не есть, голодать. В современном литературном языке это звучит как архаизм, но в русских говорах, особенно северных и сибирских, слово «кушать» в значении «есть» было обычным. Соответственно, «Некушой» — прозвище человека, который либо по скупости, либо по бедности, либо по прихоти недоедал, постился или отказывался от угощения.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: Некушоев — сын Некушая. Фамилия редкая, и её география подсказывает, что сформировалась она не в центральных губерниях, а скорее на окраинах русского расселения, где прозвища фиксировали бытовые привычки ярче. Встречается она преимущественно на Северном Кавказе и в казачьих областях — это не случайно. Там, в условиях постоянной миграции и смешения диалектов, могли закрепиться необычные говоры, а заодно и прозвища, которые в Подмосковье сочли бы странными.

Менее вероятна, но не исключена версия, что корень связан с осетинским или тюркским словом, звучащим похоже. Однако ни одна из известных ономастических работ не фиксирует для «Некушоев» иноязычной этимологии. Носители фамилии часто указывают на русское самосознание, а форма на -оев, характерная для фамилий осетин и некоторых народов Кавказа, здесь обманчива: она могла возникнуть из-за местной адаптации окончания (вместо ожидаемого -ов). Но первичная основа — чисто русская, бытовая, без аристократического налёта.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Некрасов, Неклюдов — показывает тот же принцип: отрицание «не-» плюс действие или качество. Если Некрасов — «некрасивый», Неклюдов — «неклюжий, неуклюжий», то Некушоев — «некушающий». Прозвище могло закрепиться за человеком, который соблюдал строгие посты, болел или просто был привередлив в еде. В любом случае, фамилия — живой отпечаток той эпохи, когда личное прозвище говорило о человеке больше, чем паспорт.