Фамилия Некушина — редкий случай, когда суффикс -ин указывает не на принадлежность отцу по имени, а на прозвище, которое дали женщине. Это женская форма фамилии Некушин, а в основе лежит, скорее всего, древнерусское неканоническое имя или прозвище Некуш. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «некуш» или «некуша» означало нелюдимого, молчаливого, необщительного человека, того, кто «не кушает» в смысле не участвует в общем застолье, держится особняком.

Словообразовательная модель проста: прозвище Некуш (или Некуша) плюс притяжательный суффикс -ин, который в крестьянской среде часто закреплялся за целым родом. Если бы основа кончалась на -о или -а, суффикс был бы -ов, но здесь сработала мягкая основа. Встречаются варианты написания через «е» — Некушкин, но форма Некушина фиксирует именно глухой звук «ш» в суффиксе, что характерно для северо-восточных регионов России.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Кировской областям, где сохранились архаичные прозвища, не перешедшие в литературный язык. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян Некушиных в переписных книгах Устюжского уезда — там фамилия бытовала без изменения, передаваясь от отца к сыну, но в женском роде сохраняла форму Некушина.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «нек» (нет) и «куш» (птица) — якобы «не имеющий птицы», что могло быть прозвищем охотника. Но для русского быта это натяжка: прозвища строились на прямых наблюдениях за поведением, а не на иноязычных кальках. Поэтому основное объяснение — через характеристику человека: предок Некушиных был замкнутым, нелюдимым, возможно, бобылём, жившим отдельным двором.