Фамилия Никушина восходит к мужскому имени Никуша — так в народной, разговорной традиции сокращали и переоформляли целый ряд крестильных имён, начинавшихся на Ник-. За этим уменьшительным суффиксом -уш- могут скрываться Никандр («муж-победитель»), Никита («победитель»), Никифор («победоносный»), Никодим («побеждающий народ»), Никон («побеждающий») и даже редкий Никостат («воин-победитель»). Все эти имена пришли из греческого языка и связаны с корнем nike — «победа», так что в основе фамилии лежит образ победителя, хотя сам носитель имени Никуша вряд ли задумывался о таком высоком значении: для окружающих это было просто ласковое или обиходное обращение.

Сама модель фамилии простая и очень распространённая: к основе Никуш- добавили притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Первоначально Никушина — это «дочь или жена Никуши», а в более широком смысле — «из семьи Никуши». Такая форма характерна для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на согласный или на -а/-я, и она типична для северных и центральных регионов России, где притяжательные прилагательные с -ин встречались чаще, чем на юге.

Скорее всего, основатель рода Никушиных был человеком из простого сословия. Фамилии, образованные от уменьшительных народных форм имён, обычно закреплялись за крестьянами, ремесленниками или служилыми людьми низших чинов — в дворянской среде предпочитали полные канонические имена. Это не делает фамилию менее интересной: напротив, она сохранила живую речь той эпохи, когда Никушей могли звать и бойкого мальчишку, и уважаемого главу семьи, не различая их по социальному положению.

Интересно, что фамилия Никушина стоит в одном ряду с однокоренными Никулин, Никушин, Никитин, но каждая из них закрепилась за своей ветвью рода. Если Никитины массово встречаются по всей России, то Никушины — фамилия более локальная, и в старых документах её чаще фиксируют в поволжских и вятских землях, где уменьшительные формы имён были особенно в ходу. В женском роде фамилия не склоняется по-особому: Никушина — это и форма для женщины, и историческое название всего рода, что типично для русской традиции, где фамилия жены или вдовы часто становилась фамилией детей.

Точных сведений о конкретном родоначальнике Никушиных не сохранилось, и в этом нет ничего удивительного: фамилии такого типа возникали стихийно в XV–XVII веках, когда прозвище или уменьшительное имя одного человека переходило на его потомков. Можно лишь уверенно сказать, что предок носителей этой фамилии носил имя Никуша, а за ним стояла греческая «победа» — пусть и в такой скромной, домашней форме.