Фамилия Никушев образована от имени или прозвища Никуш — разговорной, обиходной формы канонического имени Николай. Это имя, одно из самых распространённых в крестьянской среде, давало десятки производных форм: Никула, Никулка, Никуша, Никуш. Суффикс -ш- в основе указывает на ласкательное или фамильярное обращение, характерное для северных и центральных говоров. Патронимический суффикс -ев присоединялся к основам на мягкий согласный или шипящий — так Никуш превратился в Никушев, то есть «сын Никуша».

Менее вероятна, но допустима версия от прозвища, связанного с диалектным словом «никуш» — так в некоторых говорах называли нерасторопного, медлительного человека или, напротив, того, кто «никуда не годится». Однако в ономастике принято в первую очередь рассматривать антропонимическую основу: крестильное имя давало фамилию без дополнительной смысловой нагрузки, а прозвищные значения возникали уже вторично, при переосмыслении.

Географически фамилия Никушев тяготеет к северо-востоку европейской части России. По данным современных списков, наибольшая плотность носителей — в Кировской области, Пермском крае и Удмуртии. Это зона, где формы на -уш- и -ух- (Никуша, Никуха) были особенно типичны для местного говора. Встречается фамилия и в старых переписях Вятской губернии — там Никушевы записаны среди государственных крестьян, то есть лично свободных земледельцев, не принадлежавших помещикам.

С точки зрения словообразовательной модели, Никушев стоит в одном ряду с фамилиями Сакушев (от Сакуш — Исаак), Микушев (от Микуш — Михаил), Якушев (от Якуш — Яков). Все они — примеры типично русской патронимии, где неполное имя в уменьшительной форме закрепилось в качестве родового прозвания. Разница лишь в том, какое именно имя легло в основу: в случае с Никушевым — это Николай, одно из самых частых имён в святцах.

Фамилия недворянская, не встречается в родословных книгах знати. Её носители — потомки крестьян и посадских людей, и в этом её ценность как маркера народной, не книжной традиции имяобразования.