Основой фамилии Никушкин послужило имя Никушка. Имя Никушка представляет собой уменьшительно-ласкательную форму имени Никита или Николай. Эти имена восходят к общей греческой основе со значением «побеждать» и переводятся «побеждающий» и «победитель народов» соответственно. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никушка, со временем получил фамилию Никушкин.