Фамилия Никушкинчина — редкий случай, когда в основе лежит женское имя, а не мужское. В русской ономастике фамилии на -ин обычно образуются от имён или прозвищ на -а/-я (Петя — Петин, Миша — Мишин). Здесь же исходная форма — Никушкин, а затем добавился суффикс -а, превративший фамилию в форму родительного падежа. Получается, что Никушкинчина — это буквально «жена Никушкина» или «дочь Никушкина». Такая модель встречалась в северных и центральных русских говорах: крестьянку или мещанку могли записать в документах не по её собственной фамилии, а по мужу или отцу, оставив окончание -а (ср. Морозова, но в говорах — Морозовиха, Кузнецова — Кузнецовка). В случае Никушкинчина форма сохранила двойной суффикс, что указывает на конкретный источник: сначала образовалась фамилия Никушкин, а от неё — «женская» версия.

Основа Никушка — это производная форма от канонического имени Николай (через народное Никула, Никулка). Уменьшительное Никушка в XVI–XVII веках было распространённым бытовым именем, не обязательно ласкательным: так могли звать и взрослого крестьянина, и посадского человека. В документах XVII века встречаются записи «Никушка Иванов сын» — то есть это полноценное личное имя, от которого затем закрепилось отчество, а потом и фамилия.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить связь с диалектным словом «никушка» (что-то вроде недотёпы или невежи), но такая лексема не фиксируется в авторитетных словарях русских говоров. Гораздо вероятнее, что перед нами типичная «фамилия от имени», но с редкой грамматической особенностью — сохранением женской формы в качестве родовой. По сословной принадлежности носители Никушкинчины, скорее всего, были крестьянами или мещанами из северных или центральных губерний, где такие «материнские» фамилии встречались чаще, чем на юге.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что в ней одновременно работают два механизма: патронимический суффикс -ин и адьективное окончание -а, которое в русском языке обычно указывает на женский род. В результате фамилия звучит как форма родительного падежа единственного числа, хотя на деле она застыла в именительном. Это делает Никушкинчину не просто фамилией, а своеобразным лингвистическим артефактом, запечатлевшим живую речь русских писцов, которые записывали людей так, как их называли в быту.