Фамилия Никушева образована от имени Никуш — уменьшительно-ласкательной формы, которую в быту использовали для двух крестильных имён сразу: Никита и Николай. Оба имени восходят к греческим корням со значением «побеждать». Никита переводится как «победитель», а Николай — как «победитель народов». Эта смысловая развилка важна: не имея записей о конкретном предке, мы не можем сказать, в честь какого святого назвали родоначальника, но сам факт двуимённости говорит о том, что имя Никуш было распространённым и привычным в народной среде.

Модель образования фамилии проста и типична для русского севера и центральных губерний. Суффикс -ев присоединялся к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или шипящий, и указывал на принадлежность: Никушев — сын Никуша. Форма Никушева — это женский вариант, который в старых документах закреплялся за вдовой или дочерью, а в современном употреблении просто обозначает женщину-носительницу.

Имя Никуш не попало в святцы, оно существовало в устной традиции, поэтому его носители почти наверняка относились к простому сословию — крестьянам, ремесленникам, посадским людям. Дворянские роды редко строили фамилии от таких обиходных форм, предпочитая полные церковные имена. Это косвенно подтверждает, что основатель рода Никушевых не принадлежал к знати, а его потомки получили фамилию через обычную для деревенского уклада цепочку: деда звали Никуш, его сына — Никушев сын, а внук уже писался Никушевым.

В ономастических трудах, например у Б. Унбегауна, подобные фамилии от уменьшительных форм крестильных имён описываются как один из самых массовых пластов русских фамилий. Никушев стоит в одном ряду с Микушевым, Кирюшевым, Тарасовым — все они возникли из домашних прозваний, которые были короче и удобнее полных имён. Редкость фамилии Никушева объясняется не её поздним появлением, а локальностью распространения: такие фамилии часто закреплялись в одном-двух уездах и не расходились широко по стране.

Если смотреть на географию, то формы с суффиксом -уш- особенно характерны для северных говоров, где любили усечённые ласкательные имена. Встречается и вариант Никушин — от той же основы, но с другим суффиксом, что указывает на параллельное образование в соседних регионах. Разница между ними не смысловая, а чисто диалектная: где-то закрепился один вариант, где-то другой.