Фамилия Никушенкова — одна из тех, что хранит в основе не календарное имя, а прозвище или уменьшительную форму имени, причём с неочевидным суффиксальным шагом. Разобрать её стоит с финала: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), а -к- — на уменьшительность. Получается, что Никушенков — сын или потомок Никушенка, человека, которого в быту звали ласково-пренебрежительно.

Основа — Никуша. Это народная, разговорная форма от имени Николай. Подобные усечения с суффиксом -уш- (-юш-) типичны для русской деревни: Никуша, Ванюша, Петруша. Однако в фамилии появляется дополнительный суффикс -енк-, который обычно характерен для украинской и южнорусской модели (Петренко, Шевченко). В сочетании с русским -ов это даёт гибридную форму: Никушенков — буквально «сын Никушенка». Такое смешение встречается на пограничных территориях — в современных Брянской, Курской, Воронежской областях, где столкнулись северный и южный типы фамилеобразования.

Менее вероятная, но допустимая версия — отчество от прозвища Никуша, которое могло значить «некурящий» (от диалектного «никурить» — не дымить) или относиться к человеку, который «никует» — то есть скучает, бездельничает (от глагола «никнуть»). Но в контексте антропонимии имя Николай остаётся самым естественным источником: Никуша — одно из многих ласкательных производных, закрепившихся в фамилиях.

Фамилия нечастая, без выраженной дворянской истории. Носители её — скорее всего, потомки крестьян или однодворцев из южных губерний. В документах XIX века Никушенковы встречаются в Курской и Орловской губерниях, что подтверждает связь с украинско-русским пограничьем. Вариант написания с -ова (женская форма) не меняет сути: это та же модель, только в родовом окончании.