Фамилия Никишенков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Никишенков послужило церковное имя Никита. Мужское имя Никита пришло в русский язык из греческого и означает «победитель». Фамилия Никишенков образована от производной формы имени Никита — Никиша, которое в переводе с греческого языка означает «победитель». Скорее всего, фамилия Никишенков изначально возникла на территории Украины или Белоруссии, о чем свидетельствует характерный суффикс -енко. Со временем, вероятно, род Никишенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. О точном месте и времени возникновения фамилии Никишенков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Никишенков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.