Фамилия Никишенко напрямую отвечает на вопрос «чей ты будешь?» и означает «сын Никиши». В основе лежит не полное церковное имя Никита, а его просторечная, обиходная форма — Никиш. Именно так в быту могли звать человека, чьё полное имя с греческого переводится как «победитель». Таким образом, далёкий предок носителя этой фамилии был сыном человека по имени Никиша, и это родство закрепилось в родовом прозвании навсегда.

Словообразовательная модель здесь классическая для украинских и южнорусских фамилий. Суффикс -енко исторически указывал на отчество или принадлежность младшего члена семьи старшему. Если Никишенко — это «сын Никиши», то его отец, в свою очередь, носил имя Никиша. Важно, что форма Никиш — не искажение, а вполне нормальное для разговорной речи сокращение, как, например, Миш или Гриш. Такие усечённые имена были широко распространены в повседневном общении, особенно в среде крестьян и ремесленников, где полное имя использовали реже.

Интересно, что фамилия Никишенко органично встраивается в целое гнездо однокоренных родовых имён. Если сравнить её с фамилиями Никишин или Никишов, которые образованы с помощью русских суффиксов -ин и -ов, то сразу видна региональная принадлежность. Формант -енко — это яркий маркер украинской традиции именования, хотя носители фамилии давно расселились далеко за пределы исторической Малороссии. Поэтому, встретив Никишенко, можно с высокой долей уверенности предположить, что его корни уходят на территорию современной Украины или в южные губернии Российской империи, где эта модель была доминирующей.

Само имя Никита, давшее жизнь этой фамилии, было одним из самых любимых на Руси. Оно встречалось и в крестьянской среде, и среди духовенства, и у служилых людей. Поэтому фамилия Никишенко не указывает на какое-то конкретное сословие — её могли носить и потомки казака, и потомки крепостного крестьянина. Ценность фамилии не в социальном статусе предков, а в том, что она сохранила для нас живую, разговорную форму имени, которая в официальных документах почти не фиксировалась.