Фамилия Никишов образована от крестильного мужского имени Никита, точнее – от его уменьшительно-ласкательной формы Никиша. Покровителем этого имени читался преподобный Никита Исповедник. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никиша, со временем получил фамилию Никишов.