Фамилия Никишин напрямую отвечает на вопрос, откуда она пошла: в её основе лежит старинное русское имя Никиша. Это не самостоятельное имя, а уменьшительно-ласкательная форма канонического крестильного имени Никита, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Греческое слово «никетес» переводится как «победитель», так что далёкий предок всех Никишиных носил имя с гордым значением.

Впрочем, есть и другие версии происхождения. Иногда Никишей могли в быту называть и носителей имени Никифор (что значит «победоносец»), а в некоторых говорах так сокращали редкое имя Иоанникий («милость Божья»). Но самая распространённая и правдоподобная версия — всё же связь с Никитой, тем более что покровителем этого имени на Руси почитали преподобного Никиту Исповедника, день памяти которого отмечается 16 апреля.

Сама модель образования фамилии проста и типична для русских родовых имён. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Никишин буквально значит «сын Никиши», «ребёнок Никиши». Такой способ словообразования был широко распространён в центральных и северных губерниях России, в отличие от южных, где чаще использовали суффикс -ов/-ев.

Интересно, что фамилия Никишин могла возникать не один раз в разных местах и в разное время, поэтому её носители не обязательно являются родственниками. В архивных записях встречаются, например, Никишин Гавриил Семенович, родившийся в 1862 году в деревне Заречье Волынского района (это упоминание есть в Книге памяти Липецкой области), и Никишин Григорий Константинович, 1897 года рождения, из деревни Синяково Московской области (Книга памяти Московской области). Эти записи показывают, что фамилия была распространена в разных регионах и среди разных сословий.

Сегодня фамилия Никишин не редкая, но и не слишком частая. Она звучит по-русски, легко произносится и сохраняет память о том, что когда-то давно её основателем был человек, которого близкие звали просто и тепло — Никиша.