Фамилия Никишина восходит к мужскому крестильному имени Никита, а точнее — к его домашней, уменьшительно-ласкательной форме Никиша. Так в быту могли звать человека, который в церковных документах значился полным именем. Покровителем имени считался преподобный Никита Исповедник, живший в Византии в VIII–IX веках и пострадавший за почитание икон.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе Никиш- добавляется суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Изначально фамилия Никишина отвечала на вопрос «чья?» и означала «дочь, жена или вдова Никиши». В русской традиции женская форма фамилии часто закреплялась за женщиной, тогда как её отец, муж или брат носили вариант Никишин. Со временем, когда фамилии стали передаваться по наследству и закрепились в документах, женская форма превратилась в самостоятельную фамилию.

Имя Никита и его производные формы дали огромный пласт русских фамилий: Никитин, Никитский, Никитинский, Никишов, Никишин, Никишков и другие. На этом фоне фамилия Никишина не редкость, но и не массовая — она встречается заметно реже, чем, скажем, Никитина. Это связано с тем, что форма Никиша была распространена в основном в северных и центральных русских говорах, где любили усечённые и смягчённые варианты имён.

Любопытно, что помимо имени Никита, в некоторых диалектах слово «никиша» могло использоваться как шутливое прозвище для человека маленького роста или суетливого, непоседливого. Однако эта версия вторична: подавляющее большинство носителей фамилии получили её именно от крестильного имени, а не от прозвища.

Из известных носительниц фамилии выделяется советская волейболистка Светлана Никишина, выступавшая за сборную СССР в 1970-х годах. Её спортивная карьера пришлась на время, когда женский волейбол в стране был на подъёме, и фамилия звучала в репортажах с международных турниров.

Сегодня фамилия Никишина встречается по всей России, но чаще всего — в регионах, откуда шло заселение Поволжья и Урала: в Кировской, Нижегородской, Свердловской областях, а также в Чувашии и Марий Эл. Это косвенно подтверждает её севернорусское происхождение: именно оттуда переселенцы несли свои фамилии на восток.