Фамилия Никишина образована от крестильного мужского имени Никита, точнее – от его уменьшительно-ласкательной формы Никиша. Покровителем этого имени читался преподобный Никита Исповедник. Фамилии, образованные от иения Никита и его производных форм, очень распространены у русских. Из знаменитых людей фамилию Никишина носит советская волейболистка Светлана Никишина. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никиша, со временем получил фамилию Никишина.