Фамилия Никишины образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии послужило имя Никиша — уменьшительная форма одного из имен с греческой основой «ник-» («победа»): Никита («победитель») или Никифор («победоносец»). Реже в основе лежит еврейское имя Иоанникий («милость божья»). Так что предок носителей фамилии, скорее всего, носил одно из этих имен, а в быту его звали ласково или коротко — Никишей.

Разберем словообразовательную модель. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Никишин буквально значит «сын Никиши», «ребенок Никиши». Это типичная притяжательная модель, которая закрепилась в русских фамилиях в XV–XVII веках, когда крестьян и посадских людей начали массово записывать по отцу. Аналогично строились фамилии Иванов, Петров, Семенов — только там суффикс «-ов», а здесь «-ин», потому что основа оканчивается на мягкий согласный или «а»: Никиша → Никишин.

Интересно, что имя Никиша само по себе могло быть не только уменьшительным, но и самостоятельным прозвищем. В старых писцовых книгах встречаются записи «Никиша Офонасьев», «Никиша Фомин» — это не фамилии, а личные имена, которые позже превратились в родовые прозвания. Поэтому у фамилии Никишин возможны разные ветви происхождения: одни предки могли зваться Никитами, другие — Никифорами, третьи — Иоанникиями, но в обиходе все они слились в одну форму.

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно: процесс формирования фамилий растянулся на несколько столетий и шел неравномерно по регионам. На севере и в центральной России фамилии закрепились раньше, в южных и сибирских землях — позже. Но по типу образования фамилия Никишин — классический образец славянской ономастики, памятник живой народной речи, где греческое церковное имя превратилось в привычное бытовое прозвище, а затем — в фамилию, которая дошла до наших дней.