Фамилия Никишин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Никишин послужило имя Никиша. Никиша — уменьшительная форма одного из имен с греческой основой «ник-» - «победа»: Никита («победитель»), Никифор («победоносец») - или от еврейского имени Иоанникий («милость божья»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никиша, со временем получил фамилию Никишин. О точном месте и времени возникновения фамилии Никишин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Никишин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.