Основой фамилии Никишова послужило имя Никиш. Никиш — уменьшительная форма одного из имен с греческой основой «ник-» - «победа»: Никита («победитель»), Никифор («победоносец») - или еврейского имени Иоанникий («милость божья»). Скорее всего, основатель рода Никишовых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никиш, со временем получил фамилию Никишова.