Фамилия Никишова образована от имени Никиш — так в старину в быту называли человека, носившего одно из «победных» греческих имен. В основе лежит греческий корень «ник-», означающий «победа». Чаще всего Никишем звали Никиту, то есть «победителя», или Никифора — «победоносца». Реже, но тоже возможно, что это сокращение от редкого в народе церковного имени Иоанникий, которое переводится с еврейского как «милость божья». Такая многозначность типична: в крестьянской и посадской среде полные имена часто перекраивались до неузнаваемости, а за человеком закреплялось одно из множества уменьшительных прозвищ.

Сам формант -ш- в имени Никиш указывает на простонародную, разговорную традицию имяобразования. Подобные формы — Тимош от Тимофей, Яреш от Ярослав — были широко распространены в XVI–XVII веках. Поэтому, скорее всего, основатель рода Никишовых не принадлежал к знати: фамилии на -ов, образованные от таких обиходных имен, обычно носили крестьяне, ремесленники или служилые люди низших разрядов. Патронимическая модель проста: Никиш — это личное прозвище отца, а Никишовы — его прямые потомки, дети и внуки.

Интересно, что фамилия сохранила женскую форму Никишова, которая в документах закрепилась за женщинами — вдовами или дочерьми, тогда как мужчины писались Никишовы. В современных списках фамилия встречается нечасто, что говорит о ее локальном происхождении: вероятно, род был немногочисленным и не дал большого разветвления по стране. Если искать однокоренные фамилии, то рядом окажутся Никитин, Никифоров, Никишев — все они восходят к тем же греческим именам, но через разные уменьшительные формы. Никишова же выделяется именно своей редкой, «домашней» основой, которая выдает не книжное, а живое народное происхождение.