Фамилия Никиенков образована по продуктивной модели с суффиксом -ов, который в русском языке чаще всего указывает на принадлежность («чей?» — сын Никиенка). Сердцевина фамилии — прозвище или неканоническое имя Никиенок, в основе которого лежит имя Никита. Здесь важна не столько сама основа, сколько уменьшительно-ласкательный суффикс -енок: в восточнославянской традиции он нередко обозначал молодое существо или детёныша, а в антропонимии — младшего члена семьи, сына. То есть Никиенок — это, скорее всего, «маленький Никита» или «сын Никиты». Со временем форма «Никиенок» через патронимический суффикс -ов закрепилась как фамилия Никиенков.

Особенность этой фамилии — редкий переходный суффикс -енок-/-ёнк-. В русских фамилиях чаще встречаются -ик, -к(а) или -ец, а -енок характерен для белорусской и украинской традиции (сравните: Коваленок, Бондаренко). Никиенков — пример того, как западнорусская или малороссийская модель «имя + -енок» адаптировалась под великорусскую фамильную систему с окончанием -ов. Это говорит о том, что предки носителя фамилии могли жить на стыке диалектов — в Смоленской, Брянской или Черниговской губерниях, где смешивались русские и украинские говоры.

Само имя Никита в народной среде было распространено очень широко, но именно форма Никиенок не стала массовой. Скорее всего, так могли называть конкретного человека в узком кругу семьи или деревни, и прозвище закрепилось за его потомками. Ремесленной или социальной привязки у фамилии нет: она чисто именная, от крестильного имени. Сословно Никиенковы могли быть крестьянами или однодворцами — южнорусскими землевладельцами, которые несли сторожевую службу. В переписях XIX века фамилия встречается в Курской и Орловской губерниях, что подтверждает её южнорусские корни.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Никитин, Никитский, Никифоров — Никиенков стоит особняком. Никитин образован от полной формы имени (чей? — Никиты), а Никиенков — от производной, уменьшительной. Такая деталь указывает на более тесные, внутрисемейные отношения: предка звали не официально Никитой, а по-домашнему Никиенком. В современных справочниках фамилия редкая, её носители живут в основном в Центральной России и на юге Сибири, куда переселенцы уходили в XIX–XX веках.