Фамилия Никищенкова — женская форма, а её основа мужская — Никищенков. Сразу видно, что это типичная русская фамилия, образованная по модели «имя + суффикс принадлежности». Разбираем по косточкам: корень «Никищ-» восходит к имени Никита, а суффикс «-енков» указывает на то, что предок был чьим-то сыном или потомком. В русской ономастике суффиксы -енков, -онков, -инков характерны для южных и западных регионов России, особенно для земель бывшего Русского государства, где фамилии часто образовывали от отчеств с уменьшительными формами. То есть Никищенков — это буквально «сын Никищенка», а Никищенок — это уменьшительное от Никита, вроде «маленький Никита» или «Никитин сын».

Основа имени Никита (греческого происхождения, от «никетес» — победитель) в народной речи давала множество производных: Никиша, Никишка, Никищ, Никитка. Форма «Никищенок» (или «Никищенко» в украинском варианте) могла означать «младший Никита» или «ребёнок Никиты». Фамилия Никищенков — это отчество, застывшее в родительном падеже: «чей?» — Никищенков. Такая модель была особенно популярна у крестьян и мещан, которые не всегда имели официальные фамилии до реформы XIX века, а пользовались именем отца с прибавлением суффикса.

Географически фамилия Никищенков (и её женская форма) чаще всего встречается в южнорусских областях: Курской, Белгородской, Воронежской, а также на Украине, где суффикс -енко/енков — один из самых распространённых. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и служилых людей с именем Никита, но фамилия в таком виде сложилась позже, в XVIII–XIX веках, когда началась массовая фиксация отчеств как наследственных.

Интересная деталь: написание с суффиксом -щенк-, а не -щенк-, встречается реже, чем вариант Никищенков. Это может быть следствием местного говора (аканье или яканье) или ошибки переписчика. В любом случае, фамилия недвусмысленно говорит о происхождении от человека по имени Никита, и её носительница может считать себя потомком того самого «победителя» из древнегреческого имени.