Фамилия Никищина, как и её «мужская» форма Никищин, восходит к крестильному имени Никита. С греческого это имя переводится как «победитель», и в церковном календаре его покровителем почитается, в частности, преподобный Никита Исповедник. Однако путь от канонического Никиты к фамилии Никищина не прямолинеен — в нём отразились живые процессы народной речи.

Между именем и фамилией стояла диалектная форма Никища. Так на русской почве звучало то же имя Никита: чередование согласных т/щ здесь не случайность, а результат исторических изменений в языке, когда мягкий звук [т’] перед гласным переднего ряда переходил в шипящий. Подобные переходы встречаются и в других русских фамилиях, например, в формах на -ищин от имён на -ита. Фамилия Никищина закрепила именно этот народный, разговорный вариант имени, а не книжный.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Никищина буквально означает «дочь или жена Никищи», а изначально — «из семьи Никищи». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ. Вероятнее всего, основатель рода был человеком простого сословия — крестьянином или ремесленником, поскольку в среде знати фамилии чаще закреплялись от полных, церковных форм имени.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить трудно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и в разных регионах он шёл с разной скоростью. Можно лишь предположить, что фамилия Никищина сложилась там, где была распространена именно форма Никища — в северных и центральных русских говорах такие варианты встречались чаще, чем в южных. Тем не менее, сама фамилия остаётся памятником живой славянской речи, сохранившим то, как наши предки на самом деле произносили имена в повседневном общении.