Фамилия Никирина — женская форма, но её основа та же, что и у мужской Никирин. А эта мужская фамилия почти наверняка образована от имени Никита через просторечную форму Никиря. В русских говорах имя Никита часто сокращали и «обкатывали» до Ники́рка или Ники́ря, где корень менялся под влиянием аканья и упрощения звукосочетаний. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Никирин, то есть сын или потомок Никири. Такая модель типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда отчество на -ин закреплялось за целым родом.

Интересно, что в основе лежит не церковная форма Никита, а именно разговорный вариант. Это сразу отсекает фамилию от книжной традиции и привязывает к крестьянской или посадской среде, где имя в быту звучало иначе, чем в святцах. В документах XVII–XVIII веков можно встретить людей с прозвищем Никиря или Никирка — это не было официальным именем, но именно такие прозвища ложились в основу фамилий.

Есть, впрочем, и другая версия: от прозвища Никирь, которое могло произойти от глагола «никать» — опускаться, гнуться, или от диалектного «никирить» — хитрить, изворачиваться. В говорах Вологодчины и Архангельской губернии «никирить» означало «плутовать, обманывать». Тогда Никирин — потомок хитрого или изворотливого человека. Но эта гипотеза менее вероятна, потому что фамилия Никирин встречается в регионах, где форма Никиря как производная от Никиты зафиксирована устойчиво, а глагол «никирить» — локальная редкость.

С точки зрения географии, фамилия Никирин (и Никирина) распространена в центральных областях России и в Поволжье, особенно в Ивановской, Нижегородской, Ярославской областях. Это совпадает с зоной бытования уменьшительных форм на -иря от Никиты. В южных и сибирских регионах фамилия встречается реже, что косвенно подтверждает её северо-восточное происхождение.

Сословно Никирины в основном были крестьянами и мещанами. В дворянские родословные книги эта фамилия не попала, что естественно для фамилии на -ин от неканонической формы имени. В ревизских сказках XIX века Никирины записаны как государственные крестьяне, реже — как купцы третьей гильдии. Значит, предки носителя фамилии были людьми незнатными, но вполне самостоятельными — землепашцами или ремесленниками, чьё прозвище или отчество закрепилось за родом навсегда.