Фамилия Никиреев — редкий случай, когда основа неочевидна даже для носителя языка. На слух она кажется производной от имени или прозвища, но стандартные модели «Никита → Никитин» или «Никифор → Никифоров» тут не работают. Суффикс -еев указывает на притяжательное значение («чей?» — Никиреев), то есть предка звали Никирей. А вот откуда взялось это имя или прозвище — вопрос, на который у ономастов нет единого ответа.

Самая вероятная версия: Никирей — народная, диалектная форма канонического имени Никифор. В русских говорах, особенно в северных и поволжских областях, имя Никифор нередко сокращали и переиначивали: Никиша, Ника, Никирка. Форма Никирей могла возникнуть под влиянием других имён на -ей (Андрей, Матвей, Сергей) — так язык приспосабливал непривычное звучание к более привычному ряду. Тогда фамилия буквально означает «потомок Никифора», а её носители происходят из крестьянской или мещанской среды, где такие переделки имён были обычны.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза: основа «ник-» может быть связана не с именем, а с глаголом «никать» — то есть гнуться, опускаться, никнуть. В этом случае Никирей — прозвище по поведению или внешности: угрюмый, сгорбленный или, наоборот, тот, кто «никнет» перед кем-то (смиренный человек). Однако эта версия слабее: прозвища с суффиксом -ей в русском языке встречаются реже, чем уменьшительные формы имён, и обычно они более прозрачны по смыслу (например, Болтай, Горей).

Географически фамилия Никиреев встречается крайне неравномерно. Основной ареал — центральные и южные области России: Воронежская, Тамбовская, Липецкая, а также Поволжье. Это типично «однодворческая» зона расселения, где в XVII–XVIII веках жили мелкие служилые люди и государственные крестьяне. В дворянских родословных книгах Никиреевы не значатся, что косвенно подтверждает народное, незнатное происхождение фамилии.

Написание с двумя «е» (Никиреев, а не Никириев) — устойчивое, хотя в дореволюционных метриках иногда встречается вариант через «ѣ» (Никирѣев). Ударение, по наблюдениям, ставится на третий слог: Никире́ев. В современной России фамилия остаётся малочисленной: по разным оценкам, её носят от нескольких сотен до полутора тысяч человек, и почти все они — потомки выходцев из чернозёмных губерний.