Основой фамилии Никирин послужило имя Никиря. Вероятно, имя Никиря представляет собой просторечную форму одного из греческих имен: Никифор (переводится как «несущий победу») или Никандр («победитель»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никиря, со временем получил фамилию Никирин.