Фамилия Никищенков строится по редкой для русских фамилий модели с суффиксом -енков, что сразу выдает её южнорусское или украинское происхождение. В центральной и северной России отчество от имени Никита чаще оформляли как Никитин (с суффиксом -ин), а на юге и в украинских землях предпочитали форму Никитенко. Никищенков — это уже вторичное образование: от украинской фамилии Никищенко (или Никитенко) русский суффикс -ов превратил её в Никищенков, то есть «внук или потомок Никищенко». Такая двойная патронимическая цепочка указывает, что предок носителя фамилии был не сыном Никиты, а внуком, и его отца уже звали Никищенко.

Основа имени Никита (от греческого «победитель») в русских говорах дала множество уменьшительных форм: Никиша, Никишка, Никищ. Форма Никищенко могла возникнуть от Никища — через суффикс -енко, характерный для украинских отчеств. Таким образом, корень фамилии — каноническое крестильное имя Никита, которое в народе было очень популярно благодаря святому Никите Готскому и Никите Столпнику.

Географически фамилия Никищенков тяготеет к Курской, Белгородской, Воронежской областям и к востоку Украины — регионам, где в XVII–XVIII веках активно смешивались русские и украинские говоры. В переписных книгах и ревизских сказках эта фамилия почти не встречается севернее Орла, что подтверждает её южный ареал. Суффикс -енков в русских фамилиях — верный признак того, что предки жили на границе с Малороссией или в среде украинских переселенцев.

Социальный контекст прост: Никищенковы — это потомки крестьян или однодворцев. Фамилии на -енков в этом регионе не носили дворяне (у них преобладали -ов/-ев и -ский), а закреплялись за сельскими жителями после отмены крепостного права, когда многим дали фамилии по отцу или деду. Сословная принадлежность здесь не загадка: перед нами типичная крестьянская фамилия южного пограничья.