Фамилия Нискушина заставляет задуматься в первую очередь о её основе. В русском языке не существует очевидного слова «нискуш» или «нискуша». Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое претерпело фонетические изменения, или же вариант написания более распространённой фамилии. Самый вероятный путь — связь с глаголом «кушать» и отрицательной частицей «ни». Прозвище Никуша (или Никуш) могли дать человеку малоежке, тому, кто «ничего не кушал», или, в переносном смысле, нестяжателю, человеку, не гнавшемуся за едой и достатком. Со временем «Никушин» (чей? — сын Никуши) могло перейти в «Нискушин» под влиянием народной этимологии или просто из-за особенностей произношения в говорах, где «с» и «к» могли смешиваться.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Нискушина — дочь или жена Нискуши. Это типичная модель для русских фамилий, особенно распространённая на севере и в центральных областях России. Форма на -а говорит о том, что фамилия, скорее всего, принадлежит женщине, хотя в быту могла использоваться и как неизменяемая для обоих полов, если закрепилась в таком виде.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прилагательным «низкий» (низкуша — низкорослый человек) или с диалектным словом «нискушный» (неопытный, неискушённый). Однако в этом случае фамилия звучала бы иначе, например, Нискушный или Нискушнов. Версия с «некушающим» человеком остаётся основной, поскольку прозвища по отношению к еде — один из древнейших пластов русской антропонимии.

Фамилия редкая, её географическое распространение невелико. Встречается в основном в центральных регионах России, возможно, с небольшим скоплением в Поволжье или на Урале, куда переселялись крестьяне. Исторически носители фамилии относились к крестьянскому или мещанскому сословию, где прозвища были особенно живучи и часто переходили в фамилии без изменений.