Фамилия Нискубина — редкий случай, когда географическое происхождение и словообразовательная модель вступают в противоречие. На первый взгляд, перед нами типичная «матронимическая» фамилия с суффиксом -ин, образованная от женского имени Нискуба. Но такого имени ни в православных святцах, ни в славянском именослове нет. Здесь работает другой механизм: суффикс -ин мог присоединиться к основе, которая сама по себе уже была фамилией или прозвищем на -ин, — это так называемая «фамилия от фамилии», когда окончание одного рода перешло в основу другого.

Корень «Нискуб-» заставляет обратиться к географии. Наиболее вероятная версия — связь с украинским или белорусским топонимом. В этих землях есть села с названием Нискуб (например, в Житомирской области), а также река Нискуба. В таком случае фамилия Нискубина — это не именование по отцу или матери, а «географическое» указание: предок мог быть выходцем из местности Нискуб. Женская форма суффикса -ин здесь объясняется тем, что фамилия закрепилась за женщиной (вдовой, дочерью) или просто была записана в документах в женском роде, что для восточнославянской традиции XIX века — обычное дело.

Менее вероятна, но не исключена версия, что основа восходит к диалектному прозвищу. В некоторых говорах «нискубый» могло означать «низкорослый» или «слабый» («нис-» как вариант «низ-»). В этом случае фамилия Нискубина образована от прозвища Нискуба через суффикс -ин, но с усечением — по модели «прозвище → фамилия». Однако эта гипотеза слабее топонимической: слово «нискубый» не фиксируется в авторитетных словарях русских говоров.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Ниску́бина. Это подтверждается и ритмикой, и тем, что в топонимах ударение обычно на «у». Носители фамилии сегодня встречаются в основном в центральных областях России и на востоке Украины, что косвенно подтверждает миграционную версию — из украинского Полесья вглубь страны.

Таким образом, Нискубина — это не загадочное женское имя, а окаменевшая географическая метка. Предок носителя этой фамилии, вероятно, был переселенцем из села или урочища Нискуб, а сама фамилия сохранила память о месте, которого уже может не быть на карте.