Фамилия Нискин нечасто встречается, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет очевидного уменьшительного суффикса, который сразу указал бы на профессию или географию. Ключ к разгадке — в основе «Ниск-», которая в русском языке самостоятельного значения не имеет, а значит, перед нами, скорее всего, фамилия, образованная от прозвища или имени, пришедшего из другого языка.

Наиболее вероятная версия связывает Нискина с еврейским антропонимиконом. Основа «Ниск-» может восходить к мужскому личному имени Ниска — одной из бытовых форм библейского имени Нисим (в переводе с иврита — «чудеса»). В среде ашкеназских евреев, особенно на территории Российской империи, фамилии часто образовывались от уменьшительных форм имён с помощью славянского патронимического суффикса -ин. Таким образом, Нискин — буквально «сын Ниски», «потомок Ниски». Фамилия могла закрепиться в черте оседлости, на территории современных Украины, Белоруссии и Польши, где имена в быту активно сокращались.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза — о связи с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках существует слово «ныск» или близкое ему по звучанию, означающее «тихий», «незаметный» или «мелкий». Если прозвище Ниска дали человеку за его негромкий нрав или невысокий рост, то фамилия Нискин могла появиться в среде татарского или башкирского служилого сословия. Однако эта версия уступает первой по распространённости и встречается реже.

Фамилия Нискин — наглядный пример того, как славянская модель образования фамилий (суффикс -ин) «прирастает» к иноязычной основе. Она не указывает напрямую на ремесло или сословие, а говорит о чём-то более личном — об имени или прозвище родоначальника. Встречается она спорадически, без ярко выраженного регионального гнезда, что типично для фамилий, разошедшихся по стране вместе с носителями.