Фамилия Нискулов — редкий случай, когда финаль «-ов» не отменяет иноязычного происхождения основы. В русских фамилиях суффикс -ов обычно указывает на принадлежность («чей?»), но здесь он прирос к корню, который не имеет славянских параллелей.

Самая вероятная версия — тюркская. В основе лежит имя или прозвище Нискул (варианты: Ныскул, Нускал). Первая часть «нис-/ныс-» может восходить к тюркскому «ныс» (тихий, спокойный) или к древнему антропониму. Вторая часть «-кул» — один из самых распространённых компонентов в тюркских именах, означающий «раб божий», «слуга» (ср. Аллакул, Худайкул, Клычгул). Имя Нискул в этом случае осмыслялось как «смиренный слуга» или «спокойный раб (Божий)».

Менее вероятна, но допустима версия, что фамилия — русифицированная форма от караимской или крымскотатарской фамилии Нискуль (с мягким знаком). В Крыму и среди караимов встречаются фамилии с окончанием -уль/-куль, которые при адаптации в русских документах получали стандартное -ов. Тогда исходное Нискуль — либо топонимическое (от названия местности), либо патронимическое (от имени Нискуль).

География фамилии Нискулов сегодня — это преимущественно юг России и Поволжье. Встречается среди татар, башкир, а также у русских, чьи предки жили в татаро-башкирской среде. Сословно это были, скорее всего, государственные крестьяне или служилые татары — никакого дворянства и громких титулов у этой фамилии не зафиксировано.

Если отбросить домыслы, перед нами типичная «тюркская фамилия на -ов»: её носители — потомки человека, которого в XVI–XVII веках звали Нискул, и чьи дети стали Нискуловыми. Никакой тайны или многозначности тут нет, зато есть прямая связь с антропонимией Золотой Орды и Казанского ханства.