Фамилия Нискова — женская форма фамилии Нисков. Её основа, судя по всему, не связана с географическими названиями или древнерусскими именами, а восходит к прозвищу. В русских говорах слово «ниский» (или «низкий») означало не только невысокий рост, но и человека скромного положения, небогатого, а иногда — приниженного в общении. Вероятно, предок получил такое прозвище по одному из этих признаков.

Модель образования типична для русского Севера и северо-запада. Фамилия оформлена суффиксом -ов, который присоединили к основе «Ниск-». Такая форма характерна для регионов, где было распространено «оканье»: слово «низкий» произносили как «ниский», и это произношение закрепилось в фамилии. Если бы фамилия возникла в Москве или южнее, она скорее звучала бы как Низков.

Встречается Нискова преимущественно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — то есть на территории бывших новгородских земель и русского Севера. Там же часты и однокоренные фамилии: Нисков, Нискин, а также более редкие Нисковский. Все они образованы от одного прозвища, но разными суффиксами.

Важно отличать Нискову от фамилий, где корень «ниск-» мог возникнуть из финно-угорских языков, например, из карельского или вепсского. В тех языках есть слова, звучащие похоже, но для фамилии Нискова такая версия маловероятна: подавляющее большинство носителей живёт в исконно русских областях, а не в зоне активных контактов с прибалтийско-финским населением.

В дореволюционных переписях и метриках фамилия фиксируется с XVIII века, но широкого распространения не получила. Нискова остаётся редкой — её носителей насчитывается не более нескольких сотен человек по всей России.