Фамилия Нелизанов — одна из тех, что при поверхностном взгляде кажется очевидной, но при ближайшем рассмотрении ставит перед исследователем несколько загадок. Начать стоит с самого неожиданного: никакого отношения к глаголу «лизать» или «нелизать» она, скорее всего, не имеет. Несмотря на то, что в русском языке есть прозвища, образованные от глаголов (например, Непейвода, Несмеянов), модель «Нелизан» в качестве прозвища для человека, который «не лижет», выглядит маловероятной и семантически невнятной.

Гораздо правдоподобнее версия, связывающая фамилию с редким каноническим именем Елизар (Елисей) или его производными. В русской народной традиции имя Елизар нередко сокращали до Лизан, Лизар. Прибавление отрицательной частицы «Не» могло возникнуть как шутливое или охранительное прозвище — «Не-Лизан», то есть «не Лизан», «не тот, кто Лизан». Такая модель (отрицание + имя) была распространена в крестьянской среде: так появлялись фамилии Нечаев (от Чая, уменьшительного от Чеслав или Иван), Некрасов (от Некрас, «некрасивый», чтобы уберечь ребёнка от сглаза). Соответственно, Нелизанов могло означать «сын Нелизана», где Нелизан — прозвище, данное человеку, чтобы отвести от него беду или просто отличить от тёзки.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от имён и прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный. Фамилия, скорее всего, сложилась в северных или центральных регионах России, где были сильны традиции охранительных имён. Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её нетипичное происхождение: она не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов и осталась локальной, вероятно, в среде однодворцев или государственных крестьян.

Таким образом, предок современных Нелизановых мог носить прозвище Нелизан, данное ему в детстве как оберег от злых сил или как шутливое отличие от другого Лизана. Никаких документальных подтверждений этой гипотезы в открытых источниках нет, но она объясняет и редкость фамилии, и её морфологию лучше, чем версия с глаголом.