Фамилия Нелубкина — женская форма фамилии Нелубкин, и её разумно начать с мужского варианта, поскольку именно он хранит ключ к происхождению. В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Нелубка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Нелубкин, то есть сын или потомок Нелубки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Корень «нелуб-» сразу вызывает вопрос: что он значит? Прозрачной этимологии нет, и это делает фамилию особенно интересной. Можно предположить два основных пути. Первый: основа связана с глаголом «лубить» (обдирать кору, лыко) или существительным «луб» (внутренняя часть коры липы, идущая на мочало, кровлю). В таком случае Нелубка — человек, который не занимался этим промыслом, не лубил лыко, либо, наоборот, получил имя за то, что «облупил» что-то или кого-то. Приставка «не-» могла быть не отрицанием, а частью более сложного прозвища, например, «Нелуба» — тот, кто не поддаётся обработке, крепкий орешек.

Второй, более редкий, вариант: корень может восходить к диалектному слову «лубка» — так в некоторых говорах называли лукошко, короб из луба, или же лубок, лубочную картинку. Тогда Нелубка — тот, кто не имел отношения к изготовлению или продаже лубков. Отрицание «не-» в русских прозвищах часто носило ироничный характер: так могли назвать человека, который, наоборот, этим и занимался, но «не» вставляли для контраста (ср. фамилии Некрасов — от прозвища Некрас, то есть красивый, с отрицанием).

География фамилии неширокая. Нелубкины встречаются в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Это зона традиционного промысла по заготовке луба и мочала, что делает версию с «лубом» более обоснованной. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянского или посадского происхождения, и её носители могли быть ремесленниками, лесорубами или просто людьми, получившими меткое уличное прозвище.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых документах встречается написание через «и» — Нелибкина, что может указывать на местное произношение или ошибку писаря. Но современная форма устойчиво закрепилась с «у». Таким образом, Нелубкина — фамилия с прозрачной моделью, но загадочной основой, уходящей корнями в быт и ремёсла русского Севера.