Фамилия Нелубкин — редкий пример, когда основа не очевидна на слух. В ней нет привычного корня, связанного с профессией, животным или внешностью. Скорее всего, перед нами прозвище, застывшее в фамилии, и его разбор требует внимания к диалектной лексике.

Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ин. В русских фамилиях он указывает на принадлежность: «чей сын?» — Нелубкин. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Нелубка. Второй элемент — -к- — уменьшительный или пренебрежительный суффикс, характерный для разговорных прозвищ (сравните: Мишка, Ванька, но также и Хромка, Косой — через суффикс -к-). То есть Нелубка — это не полное имя, а уличное, бытовое прозвище.

Корень нелуб- — самый спорный. В современном русском языке слова «нелуб» нет. Можно предположить две версии. Первая: диалектное «лубить» (от «луб» — кора, лыко). «Лубить» — сдирать луб, кору. В некоторых говорах «нелуб» могло означать человека, который не занимается этим промыслом, либо прозвище, данное по контрасту: «Нелуб» — тот, кто не лубит, не крестьянин, не ремесленник. Вторая версия — от глагола «любить» с отрицательной частицей «не». «Нелюб» — нелюбимый, неженатый, отвергнутый. В старину «нелюб» или «нелюбка» — распространённое прозвище для человека, которого в семье не жаловали, или для того, кто сам сторонился людей. Прозвища с отрицанием «не» (Некрас, Немил, Нелюб) были типичны для дохристианской и раннехристианской Руси: считалось, что такое имя защитит от сглаза.

Географически фамилия Нелубкин встречается крайне редко. Основной ареал — центральные и южные области России (Курская, Белгородская, Воронежская). Это указывает на то, что фамилия не дворянская, а крестьянская или мещанская. В списках боярских родов и в «Ономастиконе» Веселовского она не упоминается. Скорее всего, её носители — потомки однодворцев или государственных крестьян южного пограничья, где прозвища закреплялись за семьями особенно прочно.

Таким образом, фамилия Нелубкин образована от прозвища Нелубка. Наиболее вероятное значение — «нелюбимый» или «отвергнутый» (от «не-» + «люб»), реже — связанное с промыслом луба. Суффикс -ин указывает на патронимический характер: сын Нелубки. Фамилия редкая, не имеет известных дворянских ветвей, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской среды Черноземья.